Jose Fernando Perez é engenheiro eletrônico pela Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (1967), bacharel (1967) e mestre (1969) em Física pela Universidade de São Paulo (1969) e doutor pela Escola Politécnica de Zurique (1973). Foi professor titular do Departamento de Física Matemática do Instituto de Física da USP e Diretor Científico da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) de 1993 a 2005.

Sendo o Prof. Perez o Diretor Científico da FAPESP no momento da criação do então Projeto SciELO, seu apoio para a origem e o desenvolvimento do que se tornou o Programa SciELO foi inestimável. Ao discursar na sessão de abertura do Seminário sobre Avaliação da Produção Científica, em março de 1998, no Instituto de Biociências da USP, ele afirmou “esse projeto tem características especiais, porque não é um projeto de pesquisa no sentido estrito, mas um projeto de natureza infra estrutural para a pesquisa e para ajudar a divulgação da produção científica brasileira”.

O Prof. Perez é membro da Academia Brasileira de Ciências, da Academia de Ciências do Mundo em Desenvolvimento (TWAS) e Comendador e Grã-Cruz da Ordem do Mérito Científico e Tecnológico. Atualmente, é Diretor Presidente da Recepta Biophama, empresa de biotecnologia na área de saúde humana.