Rui Santos é licenciado em História pela Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa em 1981. Possui mestrado em Sociologia Económica Histórica pela Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade NOVA de Lisboa, em 1987 e Doutoramento em Sociologia (Histórica e Económica) pela Universidade NOVA de Lisboa em 1996.

É Professor Associado de Sociologia Económica na NOVA FCSH, leciona Sociologia Económica, Sociologia Histórica e Metodologia de Investigação. Investigador do CICS.NOVA, Centro de Investigação Interdisciplinar em Ciências Sociais e é investigador associado do IHC e do Centro de História Moderna, ambos na NOVA FCSH.

Enquanto vice-presidente do então Observatório da Ciência e Tecnologia, foi o responsável pela adesão de Portugal à rede SciELO, em 2005. Anos mais tarde, foi também membro do Comitê Consultivo do SciELO, tendo tido sempre um papel muito relevante e ativo no acompanhamento e avaliação da coleção SciELO.